新キャンパス用地からは多数の古墳が発見され、九州大学関係者の間からは「その取扱いをどうするのか」というも声もある。また、九州大学関係者の間からは「工事計画は環境共生を謳うものの、計画そのものが環境破壊だ」「新福岡空港構想の候補地の一つに糸島半島が挙げられているが、その建設決定と運用に伴う騒音公害についても先行きが不透明だ」という声も上がっている。
九州大学は、移転の理由として、次のような内容を広報している。
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キャンパスが六本松・箱崎に分離していることから、全学教育と専攻教育・大学院教育のスムーズな連携や共同研究の実施等に障害が生じている。
施設の老朽化や狭隘化により、教育研究面の高度化や多様化への適応が困難である。
緑地の不足などキャンパスとしてバランスを欠く。
箱崎キャンパスは福岡空港の延長進入区域であることから、航空機騒音により教育研究に著しい支障を来している。キャンパス内への航空機墜落事故再発が懸念される。
箱崎キャンパスで、高層化・集約化した施設を再開発整備することは、航空法上の制限表面による高さ制限など様々な要因からきわめて困難である。